او که تنها چهره اصولگرایان بود که همراه با محمود احمدی نژاد به رقابت با دو نامزد اصلاح‌طلب انتخابات یعنی میرحسین موسوی و مهدی کروبی پرداخت، پس از اعلام نتایج انتخابات و پیروزی محمود احمدی نژاد، شکایت خود در این خصوص را رسما به شورای نگهبان ارائه کرد. او در آن هنگام به صورت رسمی مدعی "تقلب" در انتخابات شد و وعده داد «با تمام توان و قاطعانه» از حقوق ملت ایران دفاع خواهد کرد.
پس از آنکه علی خامنه‌ای، در نماز جمعه ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ با تایید مجدد نتایج انتخابات و تهدید معترضان، خواستار پایان دادن به اعتراضات شد و شورای نگهبان قانون اساسی نیز نتایج انتخابات را تایید کرد، محسن رضایی از پیگیری شکایت خود منصرف شد.
برای اینکه میزان باور او به تقلب را فهمید دو اظهار نظری است که اعضای ستاد انتخابات او بیان کردند
۱ - داود دانش جعفری، رئیس ستاد انتخاباتی محسن رضایی در جلسه‌ای که نمایندگان نامزدهای انتخابات با علی خامنه‌ای، چند روز پس از برگزاری انتخابات داشتند، به صراحت خامنه‌ای و نهادهای تحت امر او مانند شورای نگهبان و سپاه را به دخالت در فرآیند انتخابات به نفع احمدی‌نژاد متهم کرد. وی با اشاره به سخنرانی خامنه‌ای در جریان سفر به کردستان، یک ماه پیش از برگزاری انتخابات، گفت که رهبر جمهوری اسلامی در آن سخنرانی به صراحت از احمدی‌نژاد حمایت کرده است.
۲ - امیدوار رضایی، برادر محسن رضایی و از نمایندگان مجلس هم پس از بازشماری تعدادی از آرا توسط مسئولان اجرایی و نظارتی انتخابات گفت که «۷۰ تا ۸۰ درصد آرا با یک نوع خودکار و با یک خط مشترک به نفع یک کاندیدای خاص به صندوق‌ها ریخته شده است.»
اما با وجود تمام این اعتراضات، محسن رضایی اعلام کرد که برای «حفظ مصالح نظام و کشور، در راستای احترام به قانون و تبعیت از فرمایشات مقام معظم رهبری» از شکایت به نتیجه انتخابات انصراف می‌دهد و با دولت محمود احمدی‌نژاد همکاری خواهد کرد.
اما با وجود تمام این اعتراضات، محسن رضایی اعلام کرد که برای «حفظ مصالح نظام و کشور، در راستای احترام به قانون و تبعیت از فرمایشات مقام معظم رهبری» از شکایت به نتیجه انتخابات انصراف می‌دهد و با دولت محمود احمدی‌نژاد همکاری خواهد کرد.
***
چه اتفاقی افتاده است که به‌رغم فاش شدن عملیات خریداری ۹ میلیون رای توسط احمدی‌نژاد و همدستان او پیش از انتخابات ( گفتگوهای داغ نمایندگان مجلس در روزهای اخیر)، و صراحت اعضای ستاد انتخاباتی او در حتمی بودن تقلب در اجرای انتخابات، او از وعده خود مبنی بر دفاع قاطعانه از حقوق ملت عقب‌نشینی می‌کند و تحکیم صندلی رهبر را در اولویت نخست قرار می‌دهد و از سوی دیگر ایستادگی سرافرازانه میرحسین موسوی و مهدی کروبی را در برابر زورگویی‌های خامنه‌ای، «نوکری آمریکا» می‌نامد. او با عملکردی که در ۲ سال اخیر از خود نشان داده ( نتیجه عملکرد او را از میزان استقبال اخیر مردم مشهد از سخنرانی او - به تعداد ۱۱ نفر - می‌توان فهمید.) به باور من از کوتوله‌ترین وابسته‌های سیاسی رژیم است و نه تنها در راستای منافع مردم گامی بر‌نداشته که از نوکر صفت‌ترین آدمهای دستگاه رهبری جمهوری اسلامی نیز به‌شمار می‌رود، چه زمانی که هاشمی در اوج قدرت بود، و رضایی بمانند نوچه او همواره چاکر‌منشانه در پی حفظ منافع او - در عین حال منافع خودش - بود و چه سپس‌تر که پای‌بوسی و پاچه‌خواری آستان بیت رهبری را سرلوحه امور خود قرار داد. آیا غیر از این است که منافع محسن رضایی با منافع خامنه‌ای و بیت او که از چپاول ثروت ملت حاصل می‌شود، بهم تنیده است؟
